Bija padomju militārais darbinieks, Pirmā pasaules kara un Krievijas pilsoņu kara dalībnieks. Sākoties Pirmajam pasaules karam, 1914.gadā tika iesaukts Krievijas impērijas armijā, kur sākotnēji dienēja vienā no Sibīrijas strēlnieku pulkiem. Par kaujās parādīto varonību apbalvots ar Jura krustu. 

Pabeidzis Viļņas karaskolu 1916.gadā, kā praporščiks. Pēc tam dienēja 4.latviešu strēlnieku pulkā, kur paaugstināts par podporučiku.

1917.gada maijā iestājās Krievijas komunistiskajā partijā. 

1918.gadā iecelts par Latviešu strēlnieku padomju divīzijas 3.brigādes komandieri. jūnijā bija viens no komandieriem, kurš līdzdarbojās eseru dumpja likvidēšanā Maskavā, kā arī piedalījās cīņās par Jaroslavļu un Kazaņu. tā paša gada 8.augustā netālu no Kazaņas pie Krasnaja Gorkas dzelzceļa stacijas viņu ķēra lielgabala šāviņš, kas arī bija par iemeslu viņa nāvei 12. augustā. 

Apglabāts Svijažanskā.

KPFSR Tautas Komisāru Padome nolēma, pēc Ļeņina iniciatīvas, 1918. gada 14. augustā pārsaukt dzelzceļa staciju, pie kuras krita Jānis Judiņš, par "Judino" (krievu: Юдино), lai godinātu viņa piemiņu. Tas bija pirmais gadījums, kad tika iemūžināts kāda Krievijas pilsoņu kara cīnītāja vārds.

 Viņa vārdā nosaukta arī iela Kazaņas apkārtnē.