1632. gadā Galilejs publicēja traktātu "Dialogi par divām svarīgākajām pasaules uzbūves sistēmām — Ptolemeja un Kopernika". Tā kā te viņš heliocentrisma kritiku bija ielicis dialogu negatīvā varoņa mutē, sacēlās skandāls. Bez tam sv. inkvizīcija saņēma ziņojumu, ka Galileo ir atomisma piekritējs, kas bija daudz nopietnāka apsudzība.

1632. gada rudenī Galileju izsauca uz Romu, kur viņam nācās stāties inkvizīcijas komisijas priekšā un skaidrot, ko un kā ir domājis.

1633. gada 22. jūnijā viņam nācās publiski uz ceļiem nožēlot savu maldīšanos un pievēršanos māņiem, savukārt komisija noteica veto viņa turpmāko zinātnisko darbu publicēšanai, ja tie skars heliocentrismu vai atomismu.