Joanns Ļogkijs dzimis Daugavpilī daudzbērnu ģimenē. Tēvs Sava Ļogkijs bija pareizticīgo garīdznieks, ģimene īrēja dzīvokli Vindavas ielā (Ventspils iela), dzīvoja diezgan trūcīgi. Šajā namā Ļogkiji dzīvoja līdz 1923. gadam, kad tēvu nozīmēja par Salienas baznīcas pārzini.

Ģimene vairs nedzīvoja pilsētā, bet Joanns vēl trīs gadus pavadīja Daugavpilī, jo mācījās Daugavpils krievu ģimnāzijā (līdz 1926. g.). Pēc tam viņš turpināja mācības Rīgas Valsts pedagoģiskajos kursos, strādāja par skolotāju Ilūkstes apriņķī. Taču domas iet tēva pēdās un kļūt par garīdznieku Joannu neatstāja, un viņš kā eksternis pabeidza 2-gadīgos kursus Rīgas garīgajā seminārā.

1931. gadā J. Ļogkijs apprecas ar Jekaterinu Perminovu, jaunā ģimene dodas uz Kaplavu, kur Joanns ir vietējās pareizticīgo baznīcas pārzinis. Pēc trim gadiem garīdznieku nosūta uz Daugavpils A. Ņevska katedrāli, taču šeit viņš kalpo īsu laiku – viņu pārceļ darbā uz Rīgu.

Otrā pasaules kara sākumā garīdznieks strādā Pleskavas pareizticīgo misijā, pēc 2 gadiem viņu atsauc atpakaļ uz Rīgu uz Kristus piedzimšanas katedrāli.

Pēc Sarkanās armijas iebrukšanas Latvijā J. Ļogkiju un citus pareizticīgos garīdzniekus vācieši aizveda uz Vāciju, Sudetu apgabalu. Latvijā palikušo vecāko brāli (viņš arī bija garīdznieks), arestēja un uz 10 gadiem ieslodzīja cietumā.

Svešumā J. Ļogkijam sākās cita dzīve: 1946. – 1949.gadā viņš dzīvoja Vācijā un pasniedza ticības mācību krieviem. 1949. gadā tēvs Joanns pārbrauca uz ASV, kalpoja dažādās draudzēs, par pašaizliedzīgu kalpošanu baznīcai viņam tika piešķirti neskaitāmi apbalvojumi. Vēlāk viņu iecēla par arhibīskapu Argentīnā, pēc tam par Roklendas bīskapu.

Miris Klifsaidas Parkā (Ņūdžersijas štats, ASV), apglabāts Novodivejevas pareizticīgo sieviešu klostera kapos.