Muižas pirmais īpašnieks Kurzemes un Zemgales hercogistes laikā bija hercoga Gotharda padomnieks Zalomons Hennings,
https://timenote.info/lv/person/view?id=2111&dlang=lv

kas pēc hercoga nāves 1587. gadā dzīvoja Aizupes muižā un pabeidza rakstīt Livonijas Kurzemes hroniku (Lifflendische Curlendische Chronica...), kas tapa iespiesta pēc viņa nāves 1590. gadā Rostokā, vēlāk atkārtoti Leipcigā. Līdz 1719. gadam Aizupes muiža piederēja Henninga pēcnācējiem, pēc tam Koskuliem un Mirbahiem. No 1790. līdz 1920. gadam muižas īpašnieki bija Hāni.

Tagadējā muižas kungu māja būvēta 1823. gadā. Saglabājies viss saimniecības ēku komplekss: dzīvojamās mājas, lielās kūtis ar uzbrauktuvēm, spirta dedzinātava, ledus pagrabs u.c. Savulaik saimniecība tika iekļauta Kurzemes guberņas paraugmuižu sarakstā.

1939. gadā uz kungu māju pārcēla Cīravas meža skolu. Pēc Otrā pasaules kara ēkā darbojās meža tehnikums, kuru slēdza 1985. gadā.